สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ ขณะทรงเป็นพระราชอุปัธยาจารย์ในพระภิกษุพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เมื่อ พ.ศ. 2499 (ในภาพ พระภิกษุพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศรฯ ทรงลาผนวชต่อสมเด็จพระสังฆราชเจ้า ในวันที่ 5 พฤศจิกายน พ.ศ. 2499)

พระองค์ได้มีส่วนร่วมกับสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส มาตั้งแต่ต้น คือ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีพระราชประสงค์บำรุงการศึกษามณฑลหัวเมือง ทรงอาราธนาสมเด็จพระมหาสมณเจ้า ให้ทรงเป็นผู้อำนวยการจัดการศึกษา มีการจัดพิมพ์แบบเรียนต่าง ๆ พระราชทานแก่พระภิกษุสงฆ์ ไปไว้ใช้ฝึกสอน ให้ยกโรงเรียนพุทธศาสนิกชนในหัวเมืองทั้งปวง มารวมขึ้นอยู่ในสมเด็จพระมหาสมณเจ้า เพื่อจะได้เป็นหมวดเดียวกัน พระองค์ขณะที่ดำรงสมณศักดิ์พระสุคุณคุณาภรณ์ ได้เป็นผู้อำนวยการศึกษามณฑลจันทบุรี ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. 2445 ได้มีการออกพระราชบัญญัติลักษณะปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ. 121 อันเป็นผลเนื่องมาจากการจัดการพระศาสนา และการศึกษาในหัวเมือง

พระองค์ทรงเป็นแม่กองสอบไล่พระปริยัติธรรมหลายครั้ง ทั้งในกรุงเทพฯ และหัวเมืองต่างจังหวัด เมื่อพระเจ้าวรวงศ์เธอ กรมหลวงชินวรสิริวัฒน์ สมเด็จพระสังฆราชเจ้า ชราและอาพาธ ก็ได้ทรงมอบหน้าที่เจ้าคณะใหญ่คณะธรรมยุตให้ทรงบัญชาการแทน เมื่อปี พ.ศ. 2477 และเมื่อสมเด็จพระสังฆราชเจ้า ฯ สิ้นพระชนม์เมื่อปี พ.ศ. 2480 พระองค์ก็ได้ทรงเป็นเจ้าคณะใหญ่คณะธรรมยุตสืบต่อมา และให้ทรงจัดการปกครองคณะธรรมยุตที่สำคัญหลายประการ

เมื่อเป็นสมเด็จพระสังฆราชเจ้าแล้ว ได้ทรงปรับปรุงการปกครองคณะสงฆ์ให้ดียิ่งขึ้น โดยจัดการปกครองคณะสงฆ์ทั้งสองนิกายคือ มหานิกายและธรรมยุติกนิกาย เมื่อปี พ.ศ. 2494 ดังนี้

1. การปกครองส่วนกลาง คณะสังฆมนตรีคงบริหารรวมกัน แต่การปกครองบังคับบัญชาให้เป็นไปตามนิกาย
2. การปกครองส่วนภูมิภาคให้แยกตามนิกาย

พระองค์ได้เป็นพระราชอุปัชฌยาจารย์เมื่อพระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เสด็จออกผนวชในปี พ.ศ. 2499 และในงานฉลองพุทธศตวรรษในประเทศไทย รัฐบาลประเทศพม่าได้ถวายสมณศักดิ์สูงสุดของพม่าคือ อภิธชมหารัฏฐคุรุ แด่พระองค์ เมื่อปี พ.ศ. 2500